Si el ambiente fuera totalmente anaeróbico, la descomposición bacterial produciría metano y sulfuro de hidrógeno. Sin embargo, con una cierta cantidad de oxigeno disuelto en el agua coral, la descomposición resultara en la producción de dióxido de carbono, agua e hidrocarburos livianos.
Cualquier oxigeno libre se usará en esta descomposición inicial de la materia orgánica por las bacterias que participan en el proceso. Una vez se elimine el oxigeno libre, el material orgánico restante tiene un buen potencial de ser convertido a hidrocarburos.
El mecanismo exacto de esta alteración no se entiende aun completamente, pero parece que pude ser una combinación de estos procesos:
- La descomposición bacterial continuará hasta que las bacterias no puedan sobrevivir más en las condiciones de temperatura y presión crecientes a medida que se lleva a cabo el soterramiento.
- Baja degradación térmica en las últimas etapas de la diagénesis ( menor de 50 a 65°C)
- Reacciones catalíticas ocasionadas por metales o minerales en el agua de poro pueden conducir a una mayor descomposición de la materia orgánica.
- La descomposición radioactiva también se ha considerado como un factor en este proceso debido a la cantidad de energía que se libera durante la descomposición de elementos radioactivos, y también al hecho que las rocas generadoras generalmente son arcillas finas y oscuras con un contenido radioactivo extremadamente alto.
- Cuando se incrementa la temperatura (y la presión) debido al soterramiento continuo, se tiene como concepto generalizado que el proceso térmico consiste en la descomposición de la materia orgánica en hidrocarburos cada vez más pequeños. Este proceso ocurre más tarde durante el soterramiento cuando las temperaturas mayores de 50 a 65 °C conducen a la catagénesis en vez de a la diagénesis, de los sedimentos.
- La profundidad exacta a la que esto ocurra dependerá de los gradientes térmicos locales.
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